「法務局での会社登記が完了した！これでやっとビジネスが始められる！」
ちょっと待ってください。登記は「会社の誕生」に過ぎません。 生まれた会社が社会で活動するためには、税務署、都税事務所、年金事務所などへの「届出（セットアップ）」が必須です。
特に新宿区で起業する場合、最大の罠となるのが「税務署の管轄」です。 「新宿区だから新宿税務署だろう」と思い込んで書類を持ち込むと、「お客様の会社は四谷税務署の管轄です」と門前払いを食らうケースが後を絶ちません。
また、税務署への届出には「設立から3ヶ月以内」といった厳格な期限があり、1日でも遅れると「初年度の赤字を繰り越せない（青色申告の取り消し）」などの手痛いペナルティを受けます。
この記事では、新宿区の起業家が迷わずに手続きを完了させるための「管轄エリア判定マップ」と、提出すべき「必須書類リスト」、そして自宅から一歩も出ずに手続きを終える「e-Tax（ワンストップサービス）」の具体的な操作手順まで、専門税理士が徹底解説します。
- 新宿区は「新宿税務署」と「四谷税務署」に管轄が分かれている。
- 「青色申告承認申請書」の期限遅れは、数百万円の損失になるリスクがある。
- 「法人設立ワンストップサービス」を使えば、マイナンバーカードで完結する。
- e-Tax特有の「事前準備」と「エラー」を知らないと数日無駄にする。
第1章：【最重要】あなたはどっち？新宿税務署 vs 四谷税務署
新宿区は巨大な商業エリアであるため、税務署の管轄が東西で2つに分かれています。 本店所在地がどちらのエリアにあるか、まずは確認してください。
1. 新宿税務署の管轄エリア（西側・北部）
新宿駅周辺（西口）、歌舞伎町、大久保、高田馬場、落合方面などが該当します。
【主な地名】
・西新宿、北新宿、百人町
・歌舞伎町、大久保、戸山
・高田馬場、西早稲田、戸塚町
・上落合、中落合、下落合、西落合、中井
・神楽坂、早稲田鶴巻町 など
【所在地】
新宿区北新宿1-19-3（最寄駅：大久保駅、西新宿駅）
2. 四谷税務署の管轄エリア（東側・南部）
新宿駅周辺（東口の一部）、新宿御苑、四谷、信濃町、神楽坂の一部などが該当します。
【主な地名】
・新宿1丁目〜7丁目（※西新宿ではない「新宿」）
・四谷、若葉、須賀町、信濃町
・内藤町、大京町、左門町
・市谷〇〇町（市谷田町、市谷本村町など全域）
・神楽坂、揚場町、津久戸町 など
【所在地】
新宿区三栄町24（最寄駅：四ツ谷駅、四谷三丁目駅）
神楽坂エリアは、町名によって新宿税務署と四谷税務署が入り組んでいます。 国税庁公式サイトの「郵便番号検索」で必ず確認するか、税理士に確認を依頼してください。間違った税務署に郵送すると、転送等のタイムロスが発生します。
第2章：提出期限厳守！絶対に出すべき「4つの届出書」
管轄がわかったら、書類の作成です。 最低限提出すべきなのは以下の4つです。特にNo.2は命取りになるので注意してください。
1. 法人設立届出書
「会社を作りました」という挨拶状です。
・提出期限： 設立登記の日から2ヶ月以内
・添付書類： 定款のコピー、株主名簿（※登記事項証明書は原則不要になりましたが、確認用にあると便利です）
2. 青色申告の承認申請書【最重要】
法人税の優遇措置（赤字の10年繰越、30万円未満の資産一括償却など）を受けるための申請書です。
これを出さないと「白色申告」になり、節税メリットが激減します。
・提出期限： 設立日から3ヶ月以内（または第1期終了日の前日のいずれか早い方）
・リスク： 1日でも遅れると、初年度は強制的に白色申告になります。創業赤字を将来の黒字と相殺できなくなるため、絶対に期限内に提出してください。
3. 給与支払事務所等の開設届出書
「これから役員報酬や給料を払います（源泉所得税を徴収します）」という宣言です。
・提出期限： 開設から1ヶ月以内（設立届と一緒に出すのが一般的）
・ポイント： 社長一人の会社であっても、役員報酬を払うなら提出必須です。
4. 源泉所得税の納期の特例の承認申請書
源泉所得税の納付を「毎月」から「年2回（7月・1月）」にまとめるための申請書です。
・対象： 役員・従業員が常時10人未満の会社
・メリット： 毎月銀行に行く手間と手数料が省けます。資金繰り管理もしやすくなるため、小規模法人は提出推奨です。
・注意点： 提出した「翌月」の支払い分から適用されます。
第3章：忘れてはいけない「都税事務所」への届出
税務署（国税）への届出で安心してはいけません。 東京都（地方税）にも「会社ができました」と伝える必要があります。
新宿都税事務所へGO
法人住民税（均等割・法人税割）や法人事業税を納めるために必要です。
・提出書類： 法人設立・設置届出書
・提出先： 新宿都税事務所（新宿区西新宿7-5-8）
・期限： 設立日から15日以内（※実務上は税務署への届出と同時期でOK）
・添付書類： 定款のコピー、登記事項証明書（履歴事項全部証明書）のコピー
※税務署と違い、こちらは新宿区全域が「新宿都税事務所」の管轄です。
第4章：【完全マニュアル】法人設立ワンストップサービスの操作と落とし穴
「役所巡りは面倒くさい」という方のために、国が用意したのが「法人設立ワンストップサービス」です。 これを使えば、税務署・都税事務所・年金事務所・ハローワークへの届出を一度に完了できます。 しかし、事前準備や操作手順にクセがあり、挫折する人も多いのが実情です。ここでは具体的なステップと回避策を解説します。
ステップ1：事前準備（これが9割）
申請画面を開く前に、手元に以下のアイテムを揃えてください。これがないとスタートラインに立てません。
1. マイナンバーカード（社長個人のもの）
→ 署名用電子証明書のパスワード（英数字6桁以上）を覚えているか確認してください。3回間違えるとロックされ、区役所に行かなければならなくなります。
2. ICカードリーダライタ または マイナポータルアプリ対応スマホ
→ PCで申請する場合、カードリーダーが必要です。ない場合はスマホでQRコードを読み取って署名する方式も可能ですが、連携設定が少々複雑です。
3. 法人番号（13桁）
→ 登記完了後、国税庁の「法人番号公表サイト」で検索してメモしておきます。
4. gBizID（GビズID）プライム ※任意
→ あると便利ですが、ワンストップサービス自体は個人のマイナンバーカードで利用可能です。社会保険の手続きで後々必要になるので、この機に申請しておくと良いでしょう。
ステップ2：かんたん問診と入力
ワンストップサービスのサイトにアクセスし、「かんたん問診」に答えます。
「従業員を雇うか？」「青色申告をするか？」などの質問に答えると、自動的に必要な届出書がリストアップされます。
【入力のコツ】
・「利用者識別番号（税務署ID）」： 持っていない場合は、このサービス内で同時に取得申請ができます。「新規取得」を選択しましょう。
・「eLTAX利用者ID（地方税ID）」： これも同時に取得可能です。
・社会保険の「整理記号」： 新規加入の場合は空欄でOKです。
ステップ3：電子署名と送信（ここがエラーの山場）
全ての入力が終わったら、マイナンバーカードで電子署名を行います。
ここでよくあるトラブルが「カードが読み取れない」「ブラウザの拡張機能が入っていない」というエラーです。
【対処法】
・ChromeやEdgeのブラウザ拡張機能（マイナポータルAP）を事前にインストールしておく。
・ポップアップブロックを解除する。
・スマホ署名の場合、PC画面のQRコードを読み取るタイミングに注意する。
ステップ4：完了確認と「控え」のダウンロード
送信後、数日〜1週間程度で各行政機関の手続きが完了します。 必ず「申請状況の確認」画面から、受付完了通知と届出書の控え（PDF）をダウンロードしてください。 銀行口座の開設時に、この「受付印代わりの受信通知」がついたPDFが必要になります。これを忘れると、銀行窓口で手続きできません。
第5章：【シミュレーション】「青色申告」を出さないといくら損する？
「たかが書類一枚」と侮るなかれ。青色申告承認申請書を出し忘れた場合（白色申告）、どれくらいの金銭的損失が出るのかシミュレーションします。
ケース：創業1期目 ▲500万円の赤字、2期目 ＋500万円の黒字の場合
創業時は初期投資で赤字になることが多いです。
▼ 青色申告あり（期限内提出）の場合
・1期目：赤字500万円 → 税金ゼロ（均等割7万円のみ）。赤字を翌期に繰り越す。
・2期目：黒字500万円 − 繰越赤字500万円 ＝ 所得ゼロ
・2期目の税金：法人税ゼロ（均等割7万円のみ）
➡ 2年間で法人税負担はほぼゼロです。
▼ 青色申告なし（期限後提出・白色申告）の場合
・1期目：赤字500万円 → 税金ゼロ。しかし、赤字は切り捨て（繰り越せない）。
・2期目：黒字500万円 → そのまま課税対象。
・2期目の税金：500万円 × 約25%（実効税率概算） ＝ 約125万円の納税
➡ 差額：約125万円の損！
たった1枚の紙を出し忘れるだけで、125万円をドブに捨てることになります。 さらに、「少額減価償却資産の特例（30万円未満のPC等を一括経費にできる）」も使えなくなるため、実際の損失はもっと大きくなります。
第6章：【FAQ】法人設立届出のよくある質問（25選）
現場でよくある質問に、本音で回答します。
Q1. 税務署に行くとき、予約は必要ですか？
A. 書類提出だけなら不要ですが、相談なら予約推奨です。
単に窓口に出すだけなら予約なしで行けます。書き方を教えてほしい場合は、電話で予約（またはLINE予約）をしないと長時間待たされます。特に確定申告時期（2月〜3月）は激混みです。
Q2. 郵送で提出してもいいですか？
A. 可能です。必ず「返信用封筒」を入れてください。
届出書は「提出用」と「控え用」の2部作成し、切手を貼った返信用封筒を同封して送ります。そうしないと「控え（受付印付き）」が返ってきません。
Q3. 「青色申告」の申請を忘れました。どうなりますか？
A. 第1期は「白色申告」になります。救済措置はありません。
期限（3ヶ月以内）を1日でも過ぎるとアウトです。災害などのやむを得ない事情がない限り、遅れは認められません。2期目から適用したい場合は、2期目の開始前日までに提出してください。
Q4. バーチャルオフィスでも新宿税務署でいいですか？
A. 登記上の住所（本店所在地）で決まります。
実際の作業場所が自宅（他県）であっても、登記簿上の住所が新宿区のバーチャルオフィスなら、管轄は新宿（または四谷）税務署です。納税地を「実住所」に変えたい場合は別途届出が必要です。
Q5. 設立日はいつになりますか？
A. 法務局に登記申請書を提出した日です。
登記が完了した日ではありません。登記事項証明書に記載されている「会社成立の年月日」を確認し、届出書にはその日付を記載します。
Q6. 消費税の届出書は必要ですか？
A. 資本金1,000万円未満なら、原則として初年度は不要です。
ただし、あえて課税事業者になって消費税還付を受ける場合（輸出業など）や、インボイス登録をする場合は別途提出が必要です。インボイス登録申請書はe-Taxでも提出可能です。
Q7. 株主名簿はどうやって作ればいいですか？
A. 決まった様式はありません。ネットの雛形でOKです。
株主の氏名、住所、持ち株数、金額などが記載されていれば自作で構いません。税務署提出用には、代表的な株主のみ記載すれば足ります。
Q8. 定款のコピーは「原本証明」が必要ですか？
A. 税務署への提出用なら、通常はコピーそのままで大丈夫です。
銀行口座開設時は「原本証明（全ページに契印し、末尾に『原本に相違ない』と記載して実印）」を求められることが多いですが、税務署はそこまで厳密ではありません。
Q9. 法人実印（ハンコ）は必要ですか？
A. 書面提出なら必須、e-Taxなら電子署名（カード）で代用可能です。
ただし、銀行口座開設やオフィスの賃貸契約などで実印は必ず使うので、会社設立と同時に作っておくべきです。
Q10. 役員報酬はいつまでに決めればいいですか？
A. 設立から3ヶ月以内です。
一度決めたら1年間変更できません（定期同額給与）。変更すると、増額分や減額分が経費として認められなくなるので、慎重にシミュレーションして決めてください。
Q11. 棚卸資産の評価方法の届出書は出すべき？
A. 出さない場合「最終仕入原価法」になります。
多くの小規模事業者にとって最終仕入原価法で問題ありません。特別な評価方法（低価法など）を使いたい場合のみ提出します。
Q12. 減価償却資産の償却方法の届出書は？
A. 出さない場合「定率法（建物等は定額法）」になります。
節税（早期経費化）の観点からは定率法が有利なので、あえて提出しないケースが一般的です。
Q13. 「法人番号」がわかりません。
A. 国税庁の「法人番号公表サイト」で検索してください。
登記完了から数日後に公表されます。通知書が郵送されるのを待つより、ネットで検索した方が早いです。
Q14. e-Taxの「利用者識別番号」とは何ですか？
A. 会社ごとのID番号（16桁）です。
設立届を出す際に「開始届出書」を送信して取得します。これが税務署との通信IDになります。ワンストップサービスを使うと自動で取得されるフローになります。
Q15. 税理士に頼むといくらかかりますか？
A. 顧問契約をするなら「無料」で代行してくれる事務所が多いです。
届出書作成単体だと2〜3万円程度かかりますが、顧問契約のサービスに含むのが一般的です。最初の相談時に確認しましょう。
Q16. 決算月を変更したいのですが。
A. 登記後に変更するのは大変です。
株主総会を開き、定款を変更し、税務署へ「異動届」を出す必要があります。設立届を出す前（登記段階）によく考えるべきですが、どうしても変えたい場合は1期目の決算前に行いましょう。
Q17. 従業員を雇う予定がなくても「給与支払事務所届」は必要？
A. 社長に役員報酬を払うなら必要です。
「給与」には役員報酬も含まれます。社長も会社から見れば「従業員のようなもの（源泉徴収対象）」だからです。報酬ゼロの場合は不要ですが、出しておいて損はありません。
Q18. インボイス制度はどうすればいい？
A. 設立と同時に登録するか、免税期間を活用するか判断が必要です。
取引先が大手企業メインなら登録必須、一般消費者向けなら免税維持もありです。登録申請書は別途提出します。設立直後から登録したい場合は、設立届と一緒に提出しましょう。
Q19. 源泉所得税の「納期の特例」はいつから有効？
A. 提出した月の「翌月支払い分」からです。
遡って適用はされません。設立直後に出せば、最初の支払い（通常は設立翌月以降）から適用されるのでスムーズです。
Q20. 都税事務所に行けない場合、郵送先は？
A. 新宿都税事務所宛に郵送すればOKです。
これも税務署同様、控え返送用の封筒を同封してください。都税事務所は区ごとに1箇所なので、新宿区内ならすべて新宿都税事務所です。
Q21. 社会保険に入らないとどうなりますか？
A. 年金事務所から調査が来ます。
法人は登記情報が年金事務所に流れるため、未加入のままだといずれ通知が来ます。遡及加入させられると一度に多額の保険料を払うことになるので、早めに加入しましょう。
Q22. 許認可（建設業、飲食など）は税務署ですか？
A. 違います。保健所や都道府県庁です。
税務署はあくまで「税金」の話です。飲食なら保健所、建設なら都庁など、営業許可は別途それぞれの管轄庁へ申請してください。
Q23. 法人設立費用を経費にするには？
A. 「創立費」として計上します。
定款認証代や登録免許税、司法書士報酬などは、個人が立て替えておき、会社設立後に会社から返済してもらう形で経費化します。領収書は必ず保管してください。
Q24. 個人事業からの法人成りの場合、廃業届は必要？
A. はい、個人の「廃業届」も必要です。
個人の廃業手続きと、法人の設立手続きの両方を行います。個人の確定申告も忘れずに行う必要があります。
Q25. 結局、全部自分でやるとどれくらい時間がかかりますか？
A. 慣れていないと調べながらで丸2日〜3日は潰れます。
書類作成、役所巡り、修正対応、e-Taxの設定…。経営者の時給を考えれば、プロに任せて営業活動をした方が合理的かもしれません。
まとめ：最初のボタンを掛け違えないために
法人設立の届出は、会社の基礎を作る重要な手続きです。 特に「青色申告」の期限は、過ぎてしまうと取り返しがつきません。 また、新宿区特有の「税務署の管轄」も間違えやすいポイントです。
今はe-Taxやワンストップサービスが整備され、以前よりは楽になりましたが、それでも専門用語の壁やシステムのエラーはつきものです。 「数日の時間を節約したい」「確実に青色申告のメリットを受けたい」という方は、最初から税理士のサポートを受けることを強くお勧めします。
「自分の管轄がわからない」「青色申告の期限が近い」「e-Taxの設定が面倒くさい」
そのようなお悩みがあれば、ぜひ荒川会計事務所にご相談ください。 新宿区での創業支援実績豊富な税理士が、あなたの会社のスタートダッシュを完璧にサポートいたします。
記事執筆監修者
荒川会計事務所(経営革新等支援機関（認定支援機関）)代表税理士・登録政治資金監査人・行政書士の荒川 一磨です。
会社設立と創業融資を得意とし、何でも相談できる話しやすいパートナーであることを心掛けている事務所です。
事務所所在地 〒160-0022 東京都新宿区新宿2-5-16 霞ビル８F
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